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エタノールとイソプロパノールは同じアルコール系消毒剤ですが、有効な微生物の種類、毒性 などに違いがあります。
次にエタノールとイソプロパノールの物理化学的性質等を一覧表にしました。

参考資料
厚生労働省：第17改正日本薬局方
大島輝夫：増補新版 化学品安全管理データブック vol1.化学工業日報社,1996,66-8,81-4.
西勝英：薬・毒物中毒救急マニュアル 改訂4版.医薬ジャーナル,1990,168.

一般細菌については、消毒用エタノールと70%イソプロパノールでは多少70%イソプロパノールの方が殺菌効果が強いものの、ほぼ同程度の効果があります^1,2)。50%イソプロパノールはMRSAの殺菌に30分と長時間必要とする報告もみられます¹⁾（短時間で殺菌される報告も見られます）。そのため、殺菌効果を考慮するとイソプロパノールの消毒濃度は70%を基本とすべきです。

ウイルスについては、エンベロープを持たないウイルス（コクサッキーウイルス、アデノウイルス等）ではイソプロパノールは消毒用エタノールと比べて効果が劣り、in vitro試験の報告では60分の接触時間で供試ウイルスのほとんどが不活化できていません³⁾。

大腸菌を用いたin vitro試験では70%・10秒の接触で高い減菌率（91%）がみられますが、30～50%では1分間の接触で39～36%が残存しています。エタノールは主に清拭消毒（接触時間の短い消毒法）で用いるため、効果の高い消毒を行うためには、消毒用エタノール（80vol%）の濃度で用いることが勧められます。
また、同じ報告で99%濃度のエタノールは5分の接触でも100%の大腸菌生存率があり、消毒効果がほとんど認められないことが示されています。

参考資料
PHILIP B. PRICE：ARCHIVES OF SURGERY 1950；60：492－502.【IC09256】

消毒用エタノールにて作製した酒精綿を使用し、皮膚に発疹、発赤等の過敏症が生じた場合、代用できる消毒剤としては、まず70％イソプロパノールがあげられます。これはエタノールに対してアレルギー反応を示す人が、イソプロパノールではほとんど示さなかったことが報告されているからです。

その他、代用できるものとしてポビドンヨードがあります。なお、ポビドンヨードは人によっては過敏症が起きる場合があり、また、褐色でヨウ素特有の臭いがあります。

ポビドンヨードが使用できない場合は、ベンザルコニウム塩化物、クロルヘキシジングルコン酸塩、両性界面活性剤等の消毒剤しか使用できなくなります。これらは、消毒用エタノールやポビドンヨードに比べ殺菌効果が低い薬剤であり、管理が悪いと細菌汚染を受け、院内感染を起こす可能性もあり、使用にあたっては十分注意する必要があります。

参考資料
渡辺加代子、他：皮膚 1980；22（3）：390－3.【IC08991】

アルコールを60％（重量％）以上含みますので消防法上の危険物となります。

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