HBVの潜伏期間は平均75日ですが、30～180日と幅があります。HCVの潜伏期間は2週間から6か月です。
急性肝炎が発症すると、皮膚や眼球粘膜の黄染（黄疸）、褐色尿、激しい倦怠感、悪心嘔吐、腹痛などがみられます。
B型肝炎は、一過性感染すると20～30%は急性肝炎を発症します。B型肝炎はウイルス性肝炎の中で最も劇症化しやすく、急性肝炎を発症した方の約2%が劇症肝炎を発症し、その致死率は約70 ％です。持続感染の多くは出生時または乳幼児期に成立し、肝機能正常なキャリアとして経過し、免疫機能の発達により顕性もしくは不顕性肝炎を発症します。その後85～90％は無症候性キャリア、残りの10～15％は慢性肝炎、肝硬変、肝がんのような慢性肝疾患へと移行します。
C型肝炎は、HCVに感染すると急性肝炎を発症したのち、60～70%の方は持続感染し、HCVキャリアとなり、多くの場合、急性肝炎から慢性肝炎、数十年かけて肝硬変へと進展します。
軽症や自覚症状がない場合が多く、血液検査で肝機能異常を指摘されて気づく場合も多いです。

B型急性肝炎の場合、一般的に抗ウイルス療法を必要とせず、症状の緩和や栄養バランスの維持などの対症療法を行い、自然治癒を待ちます。
持続感染している場合、完治させることはできないため治療は慢性肝疾患への進展を抑えることを目標にインターフェロン（IFN）療法や経口治療薬の核酸アナログ製剤が使用されます。
C型肝炎ではHCVを体内からなくすことを目標に抗ウイルス療法を行います。抗ウイルス療法はインターフェロン（IFN）製剤やリバビリン、経口薬である直接作用型抗ウイルス薬（direct acting antiviral:DAA）薬を使用します。

HBVは血液や体液、HCVは主に血液を介して感染します。傷のある皮膚や粘膜に血液や体液が付着することにより、体内にウイルスが侵入し、感染します。特に医療現場では、針刺し事故、汚染された鋭利な器具類による切創により血液を介して感染する可能性があります。HBVの針刺し事故での感染率は、汚染源の血液がHBe抗原陽性の場合37～62％、汚染源の血液がHBe抗原陰性の場合23～37%と報告されています。HCVキャリアからの針刺し事故による感染率は、約1.8％ と報告されています。またHBV、HCVともに検査法が開発されたことにより、以前多かった輸血などの血液製剤による感染は著しく減少しました。
血液感染以外では、HBVでは、感染者との性交渉や母から子へ起こる垂直感染（母子感染）があります。母子感染は1986年の母子感染防止事業が実施され、新たなHBV母子感染はほとんど防げるようになりました。HCVでは、血液感染以外の感染の可能性は極めて低いとされており、性交渉や母子感染での感染することは稀です。

HBVを培養することはできず、ヒト以外ではチンパンジーにしか感染しないため、チンパンジーでの動物実験が行われ、消毒剤による感染性の不活化が確認されています。
不活化が確認されている消毒剤とその条件は、0.05％次亜塩素酸ナトリウム(10分20℃⁹⁾)、2%グルタラール（10分20℃⁹⁾、もしくは5分¹⁰⁾）、70%イソプロピルアルコール（10分20℃⁹⁾）、80%エタノール（11℃ 2分間¹⁰⁾）などです。また98℃ 2分間の熱でも不活化が確認されています¹⁰⁾。
HCVはHBVに比べ感染性が低いため、消毒はHBVに準じたものと考えられています。