消毒剤は一般的に濃度が高いほど消毒効果が強くなりますが、化学的な作用も強く対象物に与える影響も大きくなるため、消毒剤の適用濃度は消毒効果と対象物への影響のバランスを考えて設定されています。また、至適濃度を有する消毒剤もあり、例えば、エタノールで清拭消毒(接触時間の短い消毒法)を行う場合には消毒用エタノール（約80vol％）の濃度で用いることが勧められます²⁾。

消毒剤を実際に使用する場合は、揮発や洗浄水による希釈、有機物の混入、経時的な有効成分の化学変化など、種々の要因が重なりあって消毒剤の濃度を低下させ、消毒効果を弱めることがあるので、消毒終了時点において有効濃度を確保している必要があります。

消毒剤の作用は一種の化学反応であり、一般に作用温度が高くなれば効果が強く、作用温度が低くなれば効果が弱くなります。通常、消毒剤の作用温度は20～25℃³⁾になりますが、冬場などで薬液の温度が低すぎると消毒速度の低下により消毒時間が延長し^5-7)、期待する効果が得られない場合があります。なお、温度が高くなると効果が弱くなるものもあり、成分の分解により安定性が低下するもの（グルタラールや次亜塩素酸ナトリウムなど）や、揮発により濃度が低下するもの（アルコール類（エタノールやイソプロパノールなど））などがあります。

消毒剤が効果を発揮するには、微生物に対してある程度の接触時間が必要です。微生物を瞬時に殺滅できる消毒剤は存在せず、速効性があるとされる消毒用エタノールや70％イソプロパノールでも10～15秒間の接触時間を要します^4-9)。

実際の消毒時には、微生物の数や血液などの有機物、吸着等の消毒効果に影響を及ぼす因子の存在により消毒効果の得られる時間が延長する可能性があり、対象物と消毒剤を接触させる時間は余裕を持って設定します。製剤の添付文書等に消毒時間の記載がない場合、浸漬消毒であれば30分間浸漬¹⁰⁾を目安とします。

消毒前の微生物の数により微生物の殺滅時間に差が生じます。消毒前の微生物の数が多いと微生物の殺滅に長時間必要となり、消毒前の微生物の数が少ないほど短時間で微生物の数をゼロに近づけることができます。

消毒対象物が血液や吐物などの有機物にひどく汚染されている場合、予備洗浄により付着している汚染物をある程度除去することで消毒効果への妨害作用を防ぐことができます。また、予備洗浄で微生物数を減らすこともでき、期待する消毒効果を得ることができます。

このように、消毒前の予備洗浄は重要な役割を持っており、一般に洗浄してから消毒剤を作用させることが消毒操作における基本的な考え方となります（表10）。

塩素系やヨウ素系、過酸化物系の消毒剤は化学反応力が強く、消毒対象物の素材そのものを酸化・腐食することは一般によく知られています。

次亜塩素酸ナトリウムは金属器具を腐食し、血液やリネン類などの有機物に対しても強力な酸化作用を呈します。リネン類は腐食を受け生地が弱り、多量の血液や汚物の存在により効果が減弱します。また、酸性の洗浄・漂白剤、アルコール製剤、シアヌール酸系の製品などと混合（併用）すると有害な塩素ガスが発生して危険なため、一緒に使わない（混ぜない）ようにします。

陽イオンを持つベンザルコニウム塩化物やクロルヘキシジングルコン酸塩、両性界面活性剤（アルキルジアミノエチルグリシン塩酸塩）などは、石けん類により消毒効果が減弱されるため、石けん成分を洗い落としてから使用します。

pHの影響を受けやすい消毒剤として、グルタラールがあります。グルタラールは、アルカリ性で消毒効果が発揮されるものの安定性が悪く、長期間（3年程度）安定な酸性の状態では十分な消毒効果が期待できません。そのため、グルタラール製剤は安定性のよい酸性のグルタラール原液で保管し、使用時に添付の緩衝化剤を加えてアルカリ性とする用時調製の組み合わせ医薬品となっています。

クロルヘキシジングルコン酸塩はアルカリ性になると沈殿が生じ、消毒効果も減弱します。

消毒剤は一般に、金属やガラスなど硬質のものには吸着されにくく、綿球やリネン類などの繊維、生ゴム、プラスチックなどに吸着されやすいといわれます。

低濃度で使用される低水準消毒剤（ベンザルコニウム塩化物、クロルヘキシジングルコン酸塩など）は吸着による影響を受けやすく、調製済み綿球の長期保存により消毒成分が繊維に吸着し薬液濃度が低下する¹¹⁾との報告があります。また、微生物汚染^12,13)の面からも、低水準消毒剤の綿球の作り置きは避け、短期間（24時間以内^14））に使い切れる量を十分な薬液量を用いて調製するようにします。