血液や体液などの有機物やバイオフィルムなどが付着していると十分な消毒効果が得られないため、あらかじめ洗浄（予備洗浄）を行い、有機物を除去します。汚染の程度が少なければ①水洗、②洗浄、③水洗の操作を順次省略することができます。

予備洗浄の際は、作業者が感染を受けないよう注意して行います。手袋、ガウン、ゴーグルなどの防護具を着用し、水洗時の水などが飛び散らないよう丁寧に洗浄作業を行います。

構造が複雑な器具類では洗浄が困難なため、可能な限り分解してから擦り洗いを行い、細かい隙間なども洗い残しのないようにします。水洗だけでは落ちにくい汚れには、洗浄剤を使用します。血液や体液などの有機物の付着した器具類の洗浄には中性洗剤にたん白分解酵素を加えた酵素系洗浄剤の使用が適しています。アルカリ性洗剤は洗浄力が高く、一般の洗浄剤で除去困難な乾燥凝固血や薬品による凝固血の除去も可能ですが、材質への影響を考慮します。

なお、洗浄剤が残ったまま消毒を行うと消毒効果に影響することがあり、洗浄剤による洗浄後は水洗により十分すすぎを行います。

器具類を消毒剤に浸漬するときは、器具全体が浸漬できる大きさの容器を使用し、薬液を十分接触させます。チューブ類の内腔は中に空気が残らないよう薬液を注入後に浸漬します。カップやトレー、容器なども空気を抜いてから浸漬し、プラスチック製器具などの軽いものは浸漬中に器具類が浮かばないように工夫します。

器具類を浸漬した後は、消毒剤の蒸発や刺激臭の拡散、落下細菌の混入などを防ぐため、浸漬容器にふたをしておきます。消毒途中で追加して器具類を浸漬する場合は、最後に入れた器具類に対して十分な接触時間をとってから、すべての器具を薬液から引き上げるようにします。

器具類の浸漬消毒後は、原則、薬液を除去するために水洗によるすすぎを行い、微生物により再度汚染されないよう清潔な環境で十分乾燥させます。